-
Servicios
- Secuenciación de ADN en electroforesis capilar
- Análisis de fragmentos
-
Descripción
- Secuenciación de ADN en electroforesis capilar
La secuenciación en capilares se basa en la reacción de Sanger y es un método conocido como “secuenciación por terminador fluorescente”. La principal ventaja de este método es que la secuenciación se puede llevar a cabo en una sola reacción, en lugar de cuatro. En una secuenciación por terminador fluorescente se marcan cada uno de los cuatro didesoxinucleótidos que terminan la cadena con un colorante fluorescente diferente, siendo detectadas por un láser que las excita a distintas longitudes de onda, lográndose así el análisis de múltiples fragmentos al mismo tiempo, que se van a mover hacia el polo positivo y se separarán de acuerdo a la longitud del campo eléctrico: los de menos peso molecular viajarán más rápido a través del capilar, los de mayor peso molecular lo harán más lentamente.
- Análisis de fragmentos
El análisis de fragmentos consiste en
-
Requisitos de las muestras
Secuenciación de ADN en electroforesis capilar:
Modalidades de la secuenciación
Se ofrece a los usuarios la secuenciación Sanger de ADN en dos modalidades:
- Electroforesis capilar de las reacciones de secuencia realizadas por el usuario.
- Reacción de secuencia, purificación y electroforesis capilar.
- ADN de aproximadamente 1 kb (amplicones): 100 ng/reacción
- ADN de aproximadamente 5 kb (plásmidos): 500 ng/reacción
- ADN de aproximadamente 20 kb (Cosmidos): 5000 ng/reacción
En esta modalidad, las muestras por analizar deben estar en tubos eppendorf de 1.5 ml completamente deshidratadas, etiquetadas con las iniciales del usuario seguido de numeración consecutiva.
En esta modalidad el usuario debe proveernos con el ADN que desee secuenciar y el oligonucleótido que se utilizará como primer o cebador.
El ADN debe tener una relación (Densidad Óptica a 260/280 nm) mayor o igual a 1.8 y menor o igual a 2.
La integridad del ADN debe haber sido comprobada en electroforesis en gel de agarosa.
El ADN debe haber sido resuspendido preferiblemente en H2O mQ estéril libre de endonucleasas.
La cantidad de ADN que el usuario debe de proveernos está en función de su tamaño:
Preparación de la muestra
En un tubo eppendorf de 0.2 ml agregar el ADN, 4 µl de primer (0.8 pmol/µl) y H2O suficiente para un volumen final de 15 µl.
La calidad del proceso de secuenciación depende principalmente de la calidad y cantidad de ADN entregado.
Antes de enviar las muestras, se recomienda analizarlas por gel y cuantificarlas por espectrofotometría. La cuantificación por gel es subjetiva y NO debe usarse para estimar la concentración de ADN.
La RAI puede adicionar los oligonucleótidos:
82- pUC/M13- FORWARD 5> CGC CAG GGT TTT CCC AGT CAC GAC >3 113- pSG5-SV40PA 5> GTC TAG AGT CGA CCA GAC ATG >3 130- pSG5 – β- globin 5> CCT CTG CTA ACC ATG TTC ATG >3 170- pcDNA3.1-T7 PRIMER 5> TAA TAC GAC TCA CTA TAG GG >3 203- pcDNA3.1-CMV PRIMER 5> AGT TTG TTT TGG CAC CAA AAT CAA >3 289- pcDNA3.1-BGH 5> CCT ACT CAG ACA ATG CGA TGC >3 La mecánica de trabajo será la siguiente:
- Las muestras a secuenciar junto con su respectiva solicitud serán recibidas en el área de recepción en el horario y fecha acordada previamente con el técnico encargado. El usuario debe anotarse en la bitacóra de recepción de muestras y entregar la imagen del gel.
- Los resultados se enviarán vía correo electrónico.
Cualquier duda, aclaración o sugerencia debe ser dirigida a la M. en C. Teresa de Jesús Zariñán García o con el Dr. Rubén Gutiérrez Sagal.
Horarios de atención y servicio: por la pandemia sólo se atenderá contactando a la M. en C. Teresa Zariñan o el Dr. Rubén Gutiérrez vía correo electrónico.
-
Tarifas
SERVICIO CONSORCIO1 INSTITUTOS NACIONALES DE SALUD2 OTRAS DEPENDENCIAS PÚBLICAS INSTITUCIONES PRIVADAS Secuenciación de DNA (reacción y electroforesis) $180.00 $200.00 $210.00 $240.00 Secuenciación de DNA (electroforesis) $70.00 $80.00 $90.00 $110.00 Análisis de fragmentos $90.00 $105.00 $115.00 $145.00 Todos los precios incluyen IVA.
1. Usuarios del consorcio de la RAI (INCMNSZ, INCAN, INCICH, INMEGEN, UNAM).
2. Usuarios afiliados a los Institutos y Hospitales de Alta Especialidad de la CCINSHAE.