Laboratorio de espectrometría de masas
El laboratorio de espectrometría de masas de la RAI provee a la comunidad científica de una amplia gama de servicios que facilitan la investigación.
El laboratorio de espectrometría de masas está interesado en la comprensión de los procesos biológicos a partir del análisis sistemático de proteínas y metabolitos expresados en una célula o tejido, siendo actualmente la espectrometría de masas una de las herramientas más importantes.
Fundamentos de la espectrometría de masas
La espectrometría de masas analiza la relación masa/carga (m/z) de iones en estado gaseoso. Los cuatro elementos básicos de un espectrómetro de masas son: fuente de ionización, analizador de masas, sistema de detección y sistema de vacío. Uno de los métodos más comunes de producción de moléculas cargadas en fase gaseosa es la ionización por electrospray (Fig. 1), cuyo mecanismo ha sido explicado por los modelos de la evaporación de iones y de la carga residual, según los cuales los iones son generados por su expulsión directa de la superficie de las pequeñas gotas del spray o bien por agotamiento del disolvente después de ciclos de fisión y evaporación.
Figura 1. Componentes típicos de un sistema de análisis proteómico basado en espectrometría de masas.
En los procedimientos de proteómica basada en espectrometría de masas las proteínas extraídas de la muestra son normalmente sometidas a digestión proteolítica con una enzima como tripsina. Para facilitar el trabajo del espectrómetro de masas los péptidos generados se fraccionan primero mediante cromatografía de líquidos de fase reversa antes de ser ionizados y pasar al analizador de masas, que constituye el corazón del espectrómetro. Tanto las proteínas como los péptidos pueden ser fraccionados y deben ser cuidadosamente purificados antes de cargar las muestras en el equipo cromatográfico (Fig. 2).
Figura 2. Flujo de trabajo comúnmente empleado en proteómica basada en espectrometría de masas.
La técnica empleada para la secuenciación de péptidos se llama espectrometría tándem (tandem mass spectrometry MS/MS) y se basa en el rompimiento de los enlaces peptídicos por colisión con un gas inerte, generando series de iones que permiten la identificación de péptidos e inferencia de proteínas por correlación con las secuencias contenidas en bases de datos empleando motores de búsqueda como Paragon o Mascot.
El análisis cuantitativo puede llevarse a cabo con o sin marcaje isotópico, siendo este último la primera opción para estudios con altos requerimientos de exactitud y precisión. Además, los métodos pueden seguir la ruta tradicional de Adquisición Dependiente de Datos (DDA-Data Dependent Acquisition) o Independiente de Datos (DIA-Data Independent Acquisition o SWATH), siendo este último más utilizado para experimentos sin marcaje isotópico o label-free. También es posible dividir los experimentos entre aquellos destinado a la identificación del mayor número de proteínas posible y los orientados a analizar proteínas específicas, mediante métodos como el Monitoreo de Reacción Múltiple (MRM).
Equipos
AB Sciex TripleTOF 5600+ |
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| Con analizador de masas híbrido Q-TOF (Cuadrupolo-Tiempo de Vuelo); con el que es posible realizar la exploración cualitativa y cuantitativa del proteoma de muestras complejas (e.g. lisados celulares) a alta resolución. | |
Contacto
Para mayor información o asesoría sobre los servicios favor de contactar a:
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Dr. Juan Francisco Martínez Aguilar
Investigador Responsable (Espectrometría de masas)
- jmartinezcic.unam.mx
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M. en C. Hilda Sánchez Vidal
Técnica colaboradora
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