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Servicios
- Análisis de la calidad de las secuencias
- Alineamiento de secuencias sobre un genoma de referencia
- Ensamble de genomas guiados por referencia
- Ensamble de novo de genoma
- Ensamble de novo de transcriptoma
- Análisis de expresión diferencial
- Predicción y anotación de genes
- Anotación de transcritos
- Búsquedas en las bases de datos
- Análisis de dominios de proteínas
- Visualización tridimensional de biomoléculas
- Cursos
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Descripción
- Análisis de la calidad de las secuencias
Descripción: Los secuenciadores de alto rendimiento generan millones de secuencias en una sola corrida. Antes de analizar dichas secuencias es indispensable realizar controles de calidad que permitan eliminar sesgos en los datos que pudieran afectar la interpretación y las conclusiones en un contexto biológico.
Entregable: Informe de control de calidad que permita detectar problemas ya sea del secuenciador o del material de la biblioteca de partida.
- Alineamiento de secuencias sobre un genoma de referencia
Descripción: Las lecturas o secuencias son alineadas sobre un genoma o cromosoma ya resuelto. Es un paso necesario para proyectos de resecuenciación y para la ubicación precisa de los genes o lecturas sobre una secuencia consenso.
Entregable: Genoma ensamblado, siempre y cuando se cuente con un genoma de referencia y ubicación exacta y/o procedencia de las lecturas a partir de la referencia.
- Ensamble de genomas con referencia
Descripción: El conjunto de datos o lecturas Sanger, 454 e Illumina se utiliza para determinar la secuencia consenso o genoma completo de nuevos individuos a partir de una referencia. La referencia es un primer genoma ya ensamblado previamente para dicha especie.
Entregable: Genoma completo de nuevos individuos con base en los genomas ya existentes de la misma especie.
- Ensamble de novo de genoma
Descripción: El conjunto de datos o lecturas Sanger, 454 e Illumina se utiliza para determinar la secuencia consenso o genoma completo de una nueva especie. En este caso no se dispone de un genoma de referencia.
Entregable: Genomas completos de nuevas especies con base en algoritmos de unión para los fragmentos generados por secuenciación, usando como referencia las regiones que se sobrelapan.
- Ensamble de novo de transcriptoma
Descripción: El ensamble de novo de transcriptoma, es el método preferido para estudiar organismos no-modelo debido a que es más económico que secuenciar un genoma completo y permite identificar proteínas e isoformas particulares de un proceso biológico único.
Los datos de la secuenciación de RNA son ensamblados en transcritos de mayor tamaño para su posterior análisis funcional.
Entregable: Transcritos e isoformas representados en un transcriptoma. Útil para entender la expresión y regulación de los genes.
- Análisis de expresión diferencial
Descripción: La expresión de genes en una célula es dinámico, ya que varía dependiendo de diferentes factores (nutricional, ambiental, etc.). Los datos generados por RNA-seq, deben ser procesados para detectar los genes que están siendo expresados en una condición particular.
Entregable: Lista de genes con abundancia de transcritos. Lista de genes diferencialmente expresados.
- Predicción y anotación de genes
Descripción: Se identifican los genes y se hace la anotación de los mismos sobre una secuencia consenso o genoma recién ensamblado. Esto incluye el uso de herramientas de primeros principios y por homología de genes, secuencias regulatorias, etc.
Entregable: Ubicación y anotación de todas las características relevantes del genoma.
- Anotación de transcritos
Descripción: Una vez que se han ensamblado los transcritos del transcriptoma se procede a identificar y a nombrar estos transcritos.
Entregable: Identificacion de la pertenencia de genes a los transcritos ensamblados. Mapa de las principales rutas metabólicas y preprocesamiento para análisis de expresión diferencial del transcriptoma.
- Búsquedas en las bases de datos
Descripción: A partir de una secuencia o conjunto de datos se buscan secuencias homólogas en las distintas bases de datos. La búsqueda se puede hacer a partir de DNA, RNA o proteínas usando diferentes algoritmos de acuerdo a la aplicación y naturaleza de los datos.
Entregable: Lista de homólogos.
- Análisis de dominios de proteínas
Descripción: Descripción estructural y funcional de los dominios, sitios activos y motivos que componen una secuencia codificante.
Entregable: Identificar y caracterizar los dominios de las proteínas
- Visualización tridimensional de biomoléculas
Descripción: Generar representaciones estructurales de biomoléculas como proteínas, ácidos nucleicos, lípidos, azúcares y pequeñas moléculas.
Entregable: Gráficas estructurales para visualizar dominios relevantes para la función.
- Cursos
Descripción: Se imparten cursos básicos y especializados sobre bioinformática.
Horarios de atención y servicio: lunes a viernes de 8 am a 4 pm.
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Tarifas
CONSORCIO1 INSTITUTOS NACIONALES DE SALUD2 OTRAS DEPENDENCIAS PÚBLICAS INSTITUCIONES PRIVADAS $300 $350 $400 $500 Costo por hora. Todos los precios incluyen IVA.
1. Usuarios del consorcio de la RAI (INCMNSZ, INCAN, INCICH, INMEGEN, UNAM).
2. Usuarios afiliados a los Institutos y Hospitales de Alta Especialidad de la CCINSHAE.