Perfil metabólico – Orina:

Cantidad mínima de muestra: 1.5 mL

Protocolo general de entrega de la muestra. Una vez colectada la orina (bajo el esquema seleccionado por el usuario), se generan alícuotas de 2 mL y se congelan a -70 °C (estable hasta por 6 meses).

Entrega de las muestras en la unidad. Se deberá transportar a -20 °C (hielo seco o nitrógeno líquido). La muestra es estable hasta por 48 horas a -20 °C por lo que deberá coordinarse la entrega con el inicio del análisis por GC/MS. Las muestras deberán ser tratadas con ureasa previo al análisis por espectrometría de masas. El usuario deberá suministrar la cantidad suficiente de enzima para la limpieza de sus muestras. (100 U por cada muestra a analizar - Urease of Sigma type III - Sigma-Aldrich; cat. no. U1500-100KU). Dependiendo del analito a cuantificar, se deberán suministrar los estándares internos necesarios para el análisis (preguntar en la unidad). Se anexa un artículo donde se muestran los posibles resultados empleando este método de extracción (1).

Aspectos Importantes. El método de recolección de orina deberá ser estandarizado por el usuario, ya que pequeñas variaciones en el método pueden provocar cambios en el perfil metabólico a determinar y, estos cambios pueden afectar los resultados. De esta forma, se entregará junto a los resultados, las pruebas de análisis de un control de calidad generado a partir de una mezcla de todas las muestras a analizar, con el cual se determinará la variabilidad del método al inicio y al final de las diversas determinaciones (o 1 por cada 10 muestras). El producto del análisis por GC/MS, serán los datos crudos obtenidos del cromatógrafo de gases. Las evaluaciones y/o análisis de los datos corren a cargo y son responsabilidad del solicitante. En todo momento, y bajo la premisa de que la Red de Apoyo a la Investigación es un consorcio sin fines de lucro, se deberá agradecer a la unidad en productos cuyos entregables sean pero no estén limitados a libros, artículos de investigación, artículos de divulgación, simposios, congresos, tesis, reportes, trabajos, etc.

Referencia:

1. Chan EC, Pasikanti KK, Nicholson JK. Global urinary metabolic profiling procedures using gas chromatography-mass spectrometry. Nat Protoc. 2011 Sep 8;6(10):1483-99. doi: 10.1038/nprot.2011.375. PubMed PMID: 21959233.

Perfil metabólico – Cabello:

Cantidad Mínima de muestra: 0.5 cm de cabello

Protocolo de extracción. Se deberá suministrar mínimo 0.5 cm de cabello del área occipital. Guardar a temperatura ambiente. Se anexa un artículo donde se muestran los posibles resultados empleando este método de extracción (1).

Entrega de la muestra en la unidad. Las muestras deben ser entregadas a temperatura ambiente en una bolsa de plástico pequeña debidamente marcada. Dependiendo del analito a cuantificar, se deberán suministrar los estándares internos necesarios para el análisis (preguntar en la unidad).

Aspectos Importantes. La toma de la muestra deberá ser estandarizada por el usuario, ya que pequeñas variaciones en el método pueden provocar cambios en el perfil metabólico a determinar y estos cambios pueden afectar los resultados. De esta forma, se entregará junto a los resultados, las pruebas de análisis de un control de calidad generado a partir de una mezcla de todas las muestras a analizar, con el cual se determinará la variabilidad del método al inicio y al final de las diversas determinaciones (o 1 por cada 10 muestras). El producto del análisis por GC/MS, serán los datos crudos obtenidos del cromatógrafo de gases. Las evaluaciones y/o análisis de los datos corren a cargo y son responsabilidad del solicitante. En todo momento, y bajo la premisa de que la Red de Apoyo a la Investigación es un consorcio sin fines de lucro, se deberá agradecer a la unidad en productos cuyos entregables sean pero no estén limitados a libros, artículos de investigación, artículos de divulgación, simposios, congresos, tesis, reportes, trabajos, etc.

Referencia

1. Jones B, Han TL, Delplancke T, McKenzie EJ, de Seymour JV, Chua MC, Tan KH, Baker PN. Association between maternal exposure to phthalates and lower language ability in offspring derived from hair metabolome analysis. Sci Rep. 2018 Apr 30;8(1):6745. doi: 10.1038/s41598-018-24936-5.

Perfil metabólico – Plasma:

Cantidad Mínima de muestra: 50 µL de plasma

Protocolo general de entrega de la muestra. Una vez obtenido el plasma, congelarlo a -70 °C hasta su purificación. Se pueden generar alícuotas de 50 µL antes de su almacenamiento.

Método 1. En un tubo de 1.5 mL agregar 50 µL de plasma (descongelado a temperatura ambiente) y agregar 150 µL de una mezcla metanol-cloroformo (3:1, v/v) y 10 µL de estándar interno (preguntar en la unidad). La mezcla anterior se incuba a -20° C por 20 minutos. Posteriormente, centrifugar a 14000 g a 4° C por 15 minutos y transferir 160 µL del sobrenadante a un tubo de microcentrifuga de 1.5 mL. Evaporar la muestra con una centrifuga al vacío. Almacenar a -20°C (máximo 1 semana). Se anexa un artículo donde se muestran los posibles resultados empleando este método de extracción (1).

Método 2. Añadir 100 µL de plasma a un tubo de microcentrifuga de 1.5 mL. Añadir 250 µL de acetonitrilo y agitar en vortex durante 2 minutos. Posteriormente, centrifugar a 13000 g por 10 minutos a 4°C. Transferir 200 µL del sobrenadante a un tubo de microcentrifuga de 1.5 mL y secar completamente la muestra bajo flujo de nitrógeno. Almacenar a -20°C (máximo 1 semana). Se anexa un artículo donde se muestran los posibles resultados empleando este método de extracción (2).

Método 3. Añadir 50 µL de plasma a un tubo de microcentrifuga de 1.5 mL. Posteriormente, extraer con 1 mL de acetonitrilo, isopropanol, y agua milli Q (3:3:2 v/v) frío y degasificado. La solución con los metabolitos se centrifuga por 5 min a 15800 g a 0°C. El sobrenadante es transferido a un nuevo tubo y secado en un concentrador Speed Vac durante 16 h. El precipitado se lava con 1 mL de acetonitrilo:agua milli Q (1:1 v/v) (remoción de lípidos de membrana y triglicéridos) frío y se centrifuga por 5 min a 15800 g 0°C. El sobrenadante se transfiere a un nuevo tubo donde se agrega el estándar interno (5 µL de ácido mirístico d27* 3mg/mL o preguntar en la unidad) y se seca nuevamente con un concentrador Speed Vac durante 16 h. Las muestras se almacenan a 4°C en un desecador hasta el análisis. Se anexa un artículo donde se muestran los posibles resultados empleando este método de extracción (3).

Entrega de las muestras en la unidad. Traer las muestras previamente purificadas en un recipiente con nitrógeno líquido o hielo seco. Dependiendo del analito a cuantificar, se deberán suministrar los estándares internos necesarios para el análisis (preguntar en la unidad).

Aspectos importantes. El método de recolección del plasma deberá ser estandarizado por el usuario, ya que pequeñas variaciones en el método pueden provocar cambios en el perfil metabólico a determinar y, estos cambios pueden afectar los resultados. De esta forma, se entregará junto a los resultados, las pruebas de análisis de un control de calidad generado a partir de una mezcla de todas las muestras a analizar, con el cual se determinará la variabilidad del método al inicio y al final de las diversas determinaciones (o 1 por cada 10 muestras). El producto del análisis por GC/MS, serán los datos crudos obtenidos del cromatógrafo de gases. Las evaluaciones y/o análisis de los datos corren a cargo y son responsabilidad del solicitante. En todo momento, y bajo la premisa de que la Red de Apoyo a la Investigación es un consorcio sin fines de lucro, se deberá agradecer a la unidad en productos cuyos entregables sean pero no estén limitados a libros, artículos de investigación, artículos de divulgación, simposios, congresos, tesis, reportes, trabajos, etc.

Referencias:

1. Xiao M, Du G, Zhong G, Yan D, Zeng H, Cai W. Gas Chromatography/Mass Spectrometry-Based Metabolomic Profiling Reveals Alterations in Mouse Plasma and Liver in Response to Fava Beans. PLoS One. 2016 Mar 16;11(3):e0151103. doi: 10.1371/journal.pone.0151103.
2. Li Y, Lin G, Chen B, Zhang J, Wang L, Li Z, Cao Y, Wen C, Yang X, Cao G, Wang X, Cao G. Effect of alprazolam on rat serum metabolic profiles. Biomed Chromatogr. 2017 Sep;31(9). doi: 10.1002/bmc.3956.
3. Trupp M, Zhu H, Wikoff WR, Baillie RA, Zeng ZB, Karp PD, Fiehn O, Krauss RM, Kaddurah-Daouk R. Metabolomics reveals amino acids contribute to variation in response to simvastatin treatment. PLoS One. 2012;7(7):e38386. doi: 10.1371/journal.pone.0038386.

*El compuesto tiene 27 átomos de deuterio.

Perfil metabólico – Saliva:

Cantidad Mínima de muestra: 2.5 mL de saliva.

Protocolo de extracción. Utilizar un protocolo estandarizado de obtención de muestra. Posteriormente, se centrifugan a 10000 rpm durante 10 minutos. Transferir el sobrenadante a un tubo de microcentrífuga y almacenar a -20 °C hasta su purificación y derivatización.

Entrega de las muestras en la unidad. Traer las muestras en un recipiente con nitrógeno líquido o hielo seco. Dependiendo del analito a cuantificar, se deberán suministrar los estándares internos necesarios para el análisis (preguntar en la unidad). Se anexa un artículo donde se muestran los posibles resultados empleando este método de extracción (1).

Aspectos Importantes. El método de recolección de saliva deberá ser estandarizado por el usuario, ya que pequeñas variaciones en el método pueden provocar cambios en el perfil metabólico a determinar y, estos cambios pueden afectar los resultados. De esta forma, se entregará junto a los resultados, las pruebas de análisis de un control de calidad generado a partir de una mezcla de todas las muestras a analizar, con el cual se determinará la variabilidad del método al inicio y al final de las diversas determinaciones (o 1 por cada 10 muestras). El producto del análisis por GC/MS, serán los datos crudos obtenidos del cromatógrafo de gases. Las evaluaciones y/o análisis de los datos corren a cargo y son responsabilidad del solicitante. En todo momento, y bajo la premisa de que la Red de Apoyo a la Investigación es un consorcio sin fines de lucro, se deberá agradecer a la unidad en productos cuyos entregables sean pero no estén limitados a: libros, artículos de investigación, artículos de divulgación, simposios, congresos, tesis, reportes, trabajos, etc.

Referencia:

1. The human saliva metabolome doi: 10.1007/s11306-015-0840-5.