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Servicios
- Análisis proteómico cualitativo:
- Identificación de proteínas mediante 1D LC-MS/MS o 2D LC-MS/MS
- Análisis proteómico cuantitativo:
- Cuantificación relativa del proteoma para experimentos de descubrimiento (shotgun proteomics) mediante experimentos con o sin marcaje isotópico.
- MRM-HR: Cuantificación multiplexada y relativa de proteínas específicas (targeted proteomics).
Los métodos a utilizar así como los resultados esperados dependen de las características de las muestras y de los objetivos del trabajo, por lo que se recomienda conversar con el responsable del área para conocer los requerimientos específicos de su proyecto.
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Descripción
- Análisis proteómico cualitativo: identificación de proteínas mediante 1D LC-MS/MS o 2D LC-MS/MS
Análisis de la composición cualitativa del proteoma mediante experimentos de descubrimiento tipo shotgun proteomics. Puede incluir el uso de métodos de simplificación/fraccionamiento del proteoma para incrementar su cobertura tales como electroforesis en gel o cromatografía de intercambio iónico.
- Análisis proteómico cuantitativo: cuantificación relativa de proteoma para experimentos de descubrimiento (shotgun proteomics) mediante experimentos con o sin marcaje isotópico.
Análisis cuantitativo de las proteínas identificadas mediante comparación relativa utilizando métodos sin marcaje isotópico (label-free) o con aminoácidos marcados mediante alguna técnica de incorporación de isótopos estables (e.g. SILAC, dimetilación reductiva, iTRAQ)
- MRM-HR: cuantificación multiplexada y relativa de proteínas específicas (targeted proteomics)
Cuantificación relativa de una o varias proteínas de interés a través de la comparación de la abundancia de péptidos específicos y utilizando o no marcaje isotópico.
- Caracterización de modificaciones postraduccionales
Estudio cualitativo o semicuantitativo de las modificaciones postrasduccionales. Este servicio implica el desarrollo de métodos de enriquecimiento y puede requerir uso de marcaje isotópico.
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Requisitos de la muestra
Recomendaciones para la preparación de muestras en bandas de gel
Después de llevar a cabo la electroforesis se recomienda fijar las proteínas en el gel por 1 hora con una disolución de 50% etanol-10% ácido acético. Estos disolventes deberán estar limpios. Después de este paso normalmente se procede a teñir con azul de Coomassie, preferentemente la versión coloidal G-250, pero también podría ser la R-250. Esto facilita la ubicación y corte de la banda de interés.
Para cortar la banda de interés hay que utilizar un bisturí limpio con navaja nueva y limpia y cortar la banda de la manera más precisa posible tratando de no incluir parte del gel que no sea de interés o donde no haya tinción.
La fijación, tinción y corte de la banda de gel debe llevarse a cabo con material limpio, de preferencia limpiado con disolución de alcohol al 70% en agua desionizada o MilliQ. Para cortar las bandas se debe recargar el gel en una superficie totalmente limpia, se recomienda una pequeña placa de vidrio destinada exclusivamente para este uso pero otras superficies limpias que permitan distinguir la banda y hacer el corte también podrían utilizarse.
La banda de gel (de no más de 1 cm por lado) se coloca en un microtubo de 1.5 mL nuevo, nunca antes abierto o sacado de la bolsa. De considerarlo necesario, se puede lavar el interior del tubo con 0.5-1 mL de la disolución de alcohol mencionada. El tubo limpio debe permanecer cerrado y abrirse solo cuando se vaya a poner la muestra.
Como se puede notar, hay que evitar contaminación, por lo que el área de trabajo debe estar libre de polvo o cualquier otra fuente que pueda contaminar la muestra. Cuando se trabaje con el gel hay que utilizar bata que cubra totalmente los brazos así como guantes limpios. No usar papel parafilm en ningún caso. Tampoco utilizar detergentes para limpiar las superficies, es mejor utilizar la disolución de alcohol.
Horarios de atención y servicio: lunes a viernes de 8 am a 4 pm.
¡Nuevas Tarifas 2021!
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Precios en dólares americanos (USD)
SERVICIO TIPO DE MUESTRA DETALLES CONSORCIO1 INSTITUTOS NACIONALES DE SALUD2 OTRAS DEPENDENCIAS PÚBLICAS INSTITUCIONES PRIVADAS Identificación de proteínas (en bandas de gel) 3 Una banda de gel, baja complejidad Reducción, alquilación, digestión tríptica, purificación, LC-MS/MS (30 min), búsqueda en base de datos $70 $90 $110 $220 Una banda de gel, complejidad media Reducción, alquilación, digestión tríptica, purificación, LC-MS/MS (60 min), búsqueda en base de datos $80 $100 $120 $240 Una banda de gel, muestra compleja Reducción, alquilación, digestión tríptica, purificación, LC-MS/MS (90 min), búsqueda en base de datos $90 $110 $130 $260 Muestra de banda de gel preparada4 Purificación, LC-MS/MS 30 min $40 $60 $80 $160 Purificación, LC-MS/MS 60 min $50 $70 $90 $180 Purificación, LC-MS/MS 90 min $60 $80 $100 $200 Identificación de proteínas (en solución) Muestra cuantificada y en buffer compatible con espectrometría de masas Reducción, alquilación, digestión tríptica, purificación, LC-MS/MS, búsqueda en base de datos LC-MS/MS 60 min $170 $190 $210 $420 LC-MS/MS 120 min $200 $220 $240 $480 Muestra cuantificada y en buffer compatible con espectrometría de masas Fraccionamiento en microcolumna y análisis LC-MS/MS, búsqueda en base de datos. Incluye reducción, alquilación y digestión tríptica $1100 $1200 $1300 $2600 Todos los precios son en dólares USD.
1. Usuarios del consorcio de la RAI (INCMNSZ, INCAN, INCICH, INMEGEN, Institutos y Centros de Investigación de la UNAM).
2. Usuarios afiliados a los Institutos y Hospitales de Alta Especialidad de la CCINSHAE.
3. Tamaño de banda debe ser menor a 1 cm, de ser necesario teñida con azul de Coomassie.
4. Muestra digerida y seca, lista para purificación y análisis.
Para otros servicios y para definir los requerimientos específicos de las muestras, favor de ponerse en contacto con el responsable del área.
Los métodos a utilizar y por tanto los costos dependen de las características de las muestras y de los objetivos del trabajo. Se recomienda conversar con el responsable del área para conocer los requerimientos específicos de su proyecto.